헌법재판소장은 헌법재판관 중에서 대통령이 임명해야 하며 대통령은 헌법재판관 9인 체제가 구축되면 당연히 재판관 중에서 헌재소장을 임명할 계획이며 다만, 헌재소장 임기의 불확실성은 그간 계속 문제되어 왔고, 대통령이 헌법재판관 중 헌재 소장을 임명할 경우 다시 소장의 임기 문제가 불거질 것이다 했다.

문재인 대통령은 차제에 헌재소장의 임기문제를 매듭지어야 한다는 입장이며 국회에서 먼저 헌재소장의 임기를 명확히 하는 입법을 마치면, 대통령은 헌재소장을 바로 임명할 계획 이다고  했으며 헌법재판소법과 헌법재판소장의 권한대행에 관한 규칙에 의하면, 헌법재판소장이 궐위된 경우 재판관회의에서 선출된 헌법재판관이 헌법재판소장의 권한을 대행하고, 그 대행자가 선출될 때까지는 헌법재판관 중 임명일자 순 및 연장자 순으로 대행하도록 되어 있다.

또한 김이수 헌법재판소장 대행은 위 규정에 따라 적법하게 헌법재판소장 대행이 된 것이며  김이수 헌재 소장 인준 안이 부결된 이후의 헌재소장 대행 체제 지속 여부는 청와대와 무관한 것이다며 국회가 헌재소장 임기를 정하는 입법을 하면, 대통령은 바로 헌재소장 후보를 지명할 것이고, 그렇게 되면 대행 체제는 자연스럽게 종식될 것으로 판단 한다고 밝혔다.